日前總統馬英九視察南港國家生技園區，對工程延宕表達不滿，要求中研院檢討。前中研院長李遠哲18日在中國醫藥大學頒獎典體上表示，對馬英九的批評感到非常難過，並認為馬英九應了解工程延宕的原因，否則罵院長也無濟於事。

中國醫藥大學校長李文華18日頒發名譽博士學位給中研院士李遠哲。在頒獎典禮上，李遠哲回應馬英九因南港國家生技園區工程延宕批評中研院一事。李遠哲表示非常難過，他指出，工程延宕的原因在於國防部移轉土地過程延遲好幾個月，加上颱風過境所致。李遠哲表示，馬英九位居總統高位，應先了解延宕原因，不是當面批評中研院長，罵院長也無濟於事。

李遠哲也指出，中研院直屬總統府，院長和總統應有很多溝通機會，但不知道馬英九為何沒有了解工程延宕的原因，對此他不了解細節。

對於明年總統大選過後將產生新政府，李遠哲表示，不管誰當選都應該有開闊的胸襟，「不要像前幾天看到工程延宕，就罵中研院長。」

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